En 1785 el Rey Carlos III en su lucha contra la leyenda negra española en América ordenó a José de Gálvez, entonces ministro de Indias que se ocupase de hacer frente a la misma. Para ello se comenzó a recopilar la documentación existente con el fin de centralizarlo en un solo archivo. En un primer momento se planteó instalarlo dentro del propio Simancas (1), pero dado a su falta de espacio se terminó de instalar en la ciudad de Sevilla, antiguo puerto de indias.
La idea se materializó en la fundación del Archivo General de Indias, convirtiéndose en el archivo más importante para el estudio de la América colonial entre sus documentos más icónicos se encuentran las Capitulaciones de Santa Fe o el Tratado de Tordesillas.
La Casa Lonja, un edificio de estilo renacentista, fue el lugar elegido para la edificación del nuevo archivo. El edificio ha sobrevivido a lo largo del tiempo a incendios, como el de 1982 o el de 1924. Lo que llevo al traslado de la documentación a la Cilla del Cabildo y la sustitución las antiguas estanterías por armarios de acero.